W średniowieczu, gdy wierni zwykli byli przyjmować komunię jedynie w okresie Wielkanocy, osoby pobożne, głównie kobiety, wyrażały pragnienie, by czynić to częściej. 

      Tak narodził się zwyczaj komunii duchowej. „Pod koniec XII wieku najpopularniejszą formą komunii duchowej było wyrażanie modlitwy i próśb podczas podniesienia po konsekracji. […] Uważa się, że mowa pochwalna lub błogosławiony chleb były całkowicie akceptowalnym zamiennikiem komunii sakramentalnej […]. 

Według niektórych autorów błogosławieństwo osób, jak również pocałunek pokoju, mogły zastąpić komunię. […] Komunię duchową zalecano tym, którzy byli zbyt chorzy, by przyjąć konsekrowane postacie. […] Teologowie wzmocnili tę praktykę, nauczając, że przez komunię duchową otrzymuje się tyle samo łask potrzebnych do zbawienia, co przez komunię sakramentalną” (G. Macy w Eucharistia. Encyclopédie de l'Eucharistie , pod kierownictwem M. Brouarda, Paryż, 2002, s. 182).

Choć praktyka codziennej spowiedzi jest dziś powszechna, Kościół zachęca wiernych do częstego, całodziennego odprawiania Komunii duchowej, by rozpalić w sobie miłość do Boga, „aby zjednoczyć się z Odkupicielem w żywej wierze, w duchu pełnym szacunku i pokory, ufności w Jego wolę, z najgorętszą miłością” (Pius XII, encyklika Mediator Dei , 20 listopada 1947 r.). Arcybiskup Le Tourneau

Oto dwie formuły komunii duchowej:

„Chciałbym, Panie, przyjąć Cię z czystością, pokorą i oddaniem

z którym przyjęła Cię Twoja Najświętsza Matka; 

z duchem i zapałem świętych.

„Mój Jezu, wierzę, że jesteś tu obecny w Najświętszym Sakramencie. Kocham Cię ponad wszystko i gorąco pragnę Cię przyjąć. 

Ale ponieważ w tej chwili nie mogę tego uczynić sakramentalnie, wejdź przynajmniej duchowo do mojego serca. 

Jakbyś już był obecny, wielbię Cię i łączę się całkowicie z Tobą; nie pozwól mi nigdy odłączyć się od Ciebie. 

Jezu, moje dobro, moja słodka miłości, rozpal moje serce miłością, aby zawsze płonęło miłością do Ciebie. 

Cherubini i Serafini, którzy adorujecie Jezusa w Najświętszym Sakramencie dniem i nocą, módlcie się za nami i udzielcie nam świętego błogosławieństwa Jezusa i Maryi.